La Sedena y Tren Maya, S.A. de C.V. clasificaron a especies en peligro de extinción, como el jaguar, tapir y venado, como riesgosas para las operaciones del Tren Maya. Ante esto, contrataron a la empresa Susoma Soluciones Ambientales para capturar, ahuyentar o incluso sacrificar a estos animales, siguiendo la NOM-033-SAG/ZOO-2014.
El contrato establece medidas de mitigación como uso de trampas, redes y dardos tranquilizantes, así como la creación de barreras naturales y reubicación de flora para alejar a la fauna del área ferroviaria.
